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一個視頻揭秘AFA超聲提取FFPE核酸的不同之處!

版權所有,轉載請聯系基因市場部
2019-09-06

對于FFPE樣本核酸抽提,是否總是有那么點不盡如人意?FFPE樣本是目前疾病分子層面及臨床研究的重要樣本來源,往往下游需要進行文庫構建測序來獲取更多疾病信息,但提取的核酸質量常導致文庫構建失敗或缺失很多信息。面對大家對FFPE樣本核酸提取質量日益增長的需求,Covaris  truXTRAC FFPE 核酸提取解決方案來幫您,一起來看看對比傳統抽提方法它有什么不同之處吧!(下拉還有獨家秘密視頻放送,直觀解析Covaris 超聲如何高效主動脫蠟!)

我們不一樣

1.取樣只收集想要的組織區域!

常規對于FFPE玻片樣本收集,都是用刀片全部刮取下來。但有時候只想要癌組織部分,不想要癌旁部分,這時候咋整?

 Covaris 貼心小工具 tissuePICK來幫您!專為從玻片上收集FFPE樣本組織而設計,惰性材質,不參與任何反應,超小截面和獨特的表面特性,黏附力強,像筆一樣使用方便,告別手術刀導致的多余石蠟和組織區域的刮取,只收集想要的區域,使石蠟組織收集更有效率,幫助提高核酸得率,減少樣本損失!


2.脫蠟更徹底!

還在用二甲苯、礦物油等脫蠟?其實二甲苯不僅對生物黨們身體有毒,而且脫蠟又不徹底,稍微厚一點的(>10μm)組織切片就難以滲透,脫蠟效率就更低了。相信很多人要重復脫兩遍蠟的時候。蠟脫不徹底會咋樣?石蠟就成了阻礙阻礙下一步蛋白酶K消化的屏障,所以組織消化也不夠咯,此外,二甲苯還容易造成核酸降解,本就量少的FFPE樣本其實這么一折騰最后的核酸得率質量都受很大影響,也許很多意想不到的基因信息就這么不經意的丟失了。

Tips:Covaris引入獨門絕技 AFA(Adaptive Focused Acoustics,自動聚焦聲波技術)超聲來對FFPE樣本進行超聲乳化脫蠟,想象一下,有聚焦超聲的幫助,裂解液和蛋白酶K能夠由內而外、由外向內的全方位無死角侵入組織內部脫蠟乳化、組織消化,這樣納米級別的處理當然使得樣品脫蠟消化更徹底啦!這是Covaris FFPE核酸提取優于傳統試劑盒的一個獨門大殺器!Covaris truXTRAC? FFPE 方案可處理5~50μm厚FFPE組織樣本,并且DNA和RNA可同時提取, AFA超聲乳化有多神奇?看下面小視頻!20μm厚石蠟組織在超聲作用下10秒內乳化成看起來如牛奶般均勻,這些白白的都是脫下來的石蠟小顆粒噢!

 


3. 蛋白酶K組織消化更徹底!

蛋白酶K消化是為了將DNA與結合的蛋白質分離以及消化樣品中可能存在的任何核酸酶,從而防止防止可能帶來的核酸降解。保證蛋白酶K與組織充分接觸對于消化至關重要!Covaris AFA 超聲,使蛋白酶K充分滲入組織內部,幫助消化更徹底。組織消化需要一定時間的孵育,消化孵育時間過短,DNA不能充分釋放,將導致核酸提取的得率低。Covaris推薦在前一步加入Covaris truXTRAC?裂解buffer和蛋白酶K再AFA超聲處理后56℃下孵育一小時完成組織消化。消化的時間過短,DNA的釋放不充分,使核酸得率降低。

4.解交聯更溫和!

由于FFPE樣本制備過程中,甲醛固定使得核酸和蛋白緊密交聯,需要將二者解交聯。由于前一步組織消化使得樣本呈水化狀態,因而這一步需要盡量在溫和的環境下解交聯。一般的試劑盒均是在90℃孵育一小時。Covaris truXTRAC?FFPE核酸提取孵育溫度降到80℃,條件更溫和,對核酸的損害更小,提高核酸質量!

5.更適合文庫測序!

 對于下游應用只做NGS的同志們來說, Covaris truXTRAC?FFPE 核酸提取過程中還可加入Covaris AFA 超聲片段化步驟,無需轉移操作,減少樣本損失和污染的同時還節省打斷管。

FFPE樣本與新鮮樣本提取DNA測序覆蓋度比較:其中橫坐標表示染色體,深色為覆蓋度大于10x的區域,Covaris truXTRAC提取的樣本,測序覆蓋度更加均一,更接近新鮮的冰凍樣本!

想了解更多Covaris truXTRAC FFPE 信息可點擊以下鏈接:

如何從FFPE樣本中獲得高質量核酸?

看這里,FFPE樣本核酸提取秘笈!

評估FFPE RNA質量還在看RIN值?

從FFPE樣品中獲得完整性好的RNA,你可能還不知道這種方法


基因有限公司作為Covaris公司中國區獨家代理商,為您提供最完整的DNA 片段化解決方案,也可為您提供ChIP實驗、FFPE樣本核酸提取、蛋白提取解決方案等。基因有限公司的宗旨是“專才為專家服務”,有專業團隊為各大科研機構提供安裝培訓,技術支持,應用培訓與售后維護一條龍服務,贏得客戶的一致好評與信任。想要了解更多,請關注我們的官方微信“基因快訊”或聯系您身邊的基因有限公司員工。

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